Der Konvent erhielt seine heutige Form im Wesentlichen im Jahr 1667. In den Jahren 1720 und 1725 wurde das Deutschordenshaus von Anton Erhard Martinelli ausgebaut und barockisiert. Gegen Ende des 18. Jahrhunderts gab es weitere Umbau- und Renovierungsarbeiten, welche die illusionistischen Wandmalereien hervorbrachten. Ursprünglich waren diese in den 1770er Jahren entstanden. Sowohl Innenarchitektur als auch malerische Ausstattung sind symmetrisch aufgebaut. Die plastischen und gemalten Elemente finden an den gegenüberliegenden Wandfeldern ihre Pendants.

Um 1860 erfolgte eine Umgestaltung der Raumschale, die einen massiven Eingriff in die historische
Substanz darstellte. Dabei wurde das profilierte barocke Gesimse abgeschlagen und die gesamte Raumfassung – gemäß dem Zeitgeist des Historismus – mit einer blau-grauen holzkohlegefärbten Kalktünche einheitlich überstrichen. Auch die Funktion änderte sich und der Raum wird jetzt als Kapelle genutzt.

In den 1940er wurde die Sala Terrena dann in ein Museum umgewandelt, wobei sie in ihren barocken Zustand versetzt werden sollte. Dies bewirkte einen großen Verlust von Originalsubstanz, da große Putzbereiche im Hintergrund der Darstellung abgeschlagen wurden und die bestehende Malerei großflächig übermalt wurde.

In den 1970er wie auch den 1980er Jahren wurden ebenfalls umfangreiche Renovierungen durchgeführt, wobei unter anderem eine Fußbodenheizung eingebaut wurde, als auch Maßnahmen zur Entsalzung der stark zerstörten und vergipsten Bereiche in den unteren Waldfeldern vorgenommen wurden.

Konservatorisches Hauptproblem der Wand- und Deckenflächen in der Sala Terrena waren durch Feuchtigkeit und Salze verursachte Schäden. Hervorgerufen wurden sie zum einen durch bauphysikalische Probleme und zum anderen durch die hohe Besucherzahl als auch unregelmäßige Beheizung. Die Bodenfläche ist mit einem feuchtesperrenden Zementestrich versiegelt und mit Solnhofener Kalksteinplatten belegt, d.h. die Feuchtigkeit aus dem Erdreich kann nur über das Mauerwerk aufsteigen und über die Wandflächen in den Innenraum verdunsten. Zusätzliche Feuchtigkeit kam durch die wöchentliche Reinigung hinzu. Auch Schäden, die sich durch die Nutzung als Konzertsaal wie etwa Kantenbestoßungen und Kratzspuren ergaben, waren in den bodennahen Bereichen zu sehen. In den Sockelzonen war infolge der vielen Renovierungsarbeiten kaum mehr barocker Bestand vorhanden.

Die Umbauten der 1970/80er Jahre zur Regulierung des Raumklimas verbesserten zwar die Klimasituation des Raumes, aber an der Malschicht und den Putzbereichen waren wieder schwerwiegende Schäden feststellbar.

Hinzu kommt, dass der monochrome Hintergrund der Malereien in den früheren Interventionen mit dispersionshaltigen Anstrichen überfasst wurden. Dadurch wurde die natürliche Abtrocknung verhindert und die Belastung durch Mauersalze wurde verstärkt. Frühere Festigungsmaßnahmen hinterließen Rückstände, die sich als glänzender Film auf der Malereioberfläche konzentrierten.

Die barocke Kalktünche unter den ornamentalen Secco-Malereien war stellenweise gelb-orange verfärbt, was eine Folge von gealterten organischen Bestandteilen war.

Grau-blaue (Kalk-)Tünchereste der neogotischen Ausstattungsphase bildeten teilweise mehrschichtige Schollen, welche bisher immer nur übermalt wurden anstatt freigelegt zu werden.

Vornehmliches Ziel der Restaurierung war die Konservierung des spätbarocken Bestandes, welcher durch die mehrmaligen Überarbeitungen stark dezimiert wurde. Viele Bildbereiche wurden bei früheren Interventionen stark verändert, unter anderem durch Übermalungen oder rekonstruktive Retuschen. Die denkmalpflegerische Gratwanderung stellte dabei die Entscheidung dar, inwiefern mit diesen Veränderungen unter Einbeziehung der Artikel 9-13 der Charta von Venedig verfahren wird. Die Fehlstellenretuschen wurden daher mit Aquarellfarben in „Tratteggio“-Technik ausgeführt, um die Bildbereiche für den Betrachter als spätere Hinzufügung nachvollziehbar zu machen. Als Übertragungshilfe bei großen Fehlstellen wurden Schablonen verwendet, ansonsten wurden die Konturen der am Original abgenommenen Muster mittels „Spolvero“-Technik übertragen.

Im Bereich der Sockelzone wurde der Putz bis zu den Ziegeln abgeschlagen und die Ziegel abgeschlagen, um eine umfassende Entsalzung durchzuführen. Zur Regulierung des Raumklimas wurde außerdem eine Klimaanlage eingebaut. Das Abluftrohr dieser wurde im Bereich des rechten Fensterparapets eingebaut und die Plastikabdeckung mit Acrylfarben bemalt, um sie der umgebenden Malerei anzugleichen.